利用某种生物来杀灭或清除病原微生物的方法称为生物消毒法。如粪便和垃圾的发酵，利用嗜热细菌繁殖产生的热量杀灭病原微生物。此外，水在砂滤时，可依靠生物在新陈代谢过程中的生物膜将微生物滤除。此类方法过程缓慢，效果不完全可靠，对细菌芽孢一般无杀灭作用。